Bilić je reprezentaciju preuzeo nakon SP-a u Njemačkoj, kada je nasljedio Zlatka Kranjčara. Prvi njegov potez bio je uvođenje mladih reprezentativaca u momčad, pa su tako umjesto Stjepana Tomasa, Marija Tokića, Ivana Bošnjaka u reprezentaciji priliku dobili Vedran Ćorluka, Luka Modrić Eduardo Da Silva.
Debitirao je Bilić u Livornu protiv svjetskih prvaka Talijana, a Hrvatska je slavila pobjedu 2:0. Bila je to najava jedne dobre momčadi, koja je svoje pravo lice pokazala u kvalifikacijama za EP u Austriji i Švicarskoj. U teškoj skupini s Engleskom, Rusijom, Hrvatska je završila kao prva, a dugo će se pamtiti dvije pobjede nad Englezima 2:0 u Zagrebu i 3:2 na Wembleyu.
Hrvatska je u tim kvalifikacijama igrala dopadljiv nogomet, a mnogi igrači ostvarili su velike transfere. U to su vrijeme otićli Ćorluka (Man City), Eduardo (Arsenal), Modrić (Tottenham), Petrić (Borussia). Ujedno u tim kvalifikacijama Niko Kranjčar je pokazao dotad najbolji nogomet, a Niko Kovač postao je srce te momčadi. Mlada i razigrana Hrvatska bila je hit kvalifikacija, a tad je momčad dobila nadimak Bilić Boysi. Zanimljivo, u javosti je prije tih kvalifikacija vlado stav da nemamo dobru momčad, te kako nemamo kvalitetnih rezervi. Bilićevi momci sve su razuvjerili pobjedama, te pokazali kako imaju karakter i kvalitetu.
Kroz kvalifikacije Hrvatska je vratila kredibilitet, te se stav javnosti potpuno promijeno. Od Bilić Boysa počeo su u Austriji i Švicarskoj očekivati velik rezultat, a obzirom na prikazanu igru nije to bilo bez temelja. Nakon odlično odrađenih nastupa u skupini, uslijedila je utakmica s Turskom u četvrtfinalu. Dvije minute Hrvatska je bila u polufinalu EP-a, no tad je nesretni gol Senturka sve okrenuo. Na penale dalje prošli su Turci. Bilić i igrači teško su se pomirili s porazom, kao cjela hrvatska javnost, no uskoro je izbornik potvrđen i za sljedeći ciklus, onaj kvalifikacija za SP.
Hrvatska je u Austriji i Švicarskoj otvarila svoj osnovni cilj, četvrtfinale, a sljedeće kvalifikacije pokazale su se kao kobne. Teški porazi od osvetoljubive Engleske, dva remija s Ukrajinom , koštala su nas plasmana u Južnu Afriku, a igra je u nekim utakmicama bila puno lošija od one kakvu smo navikli gledati. Dugo vremena zbog ozljeda nije bilo Dudua, a pogotovo u zadnjim utakmicama Bilić je najviše problema imao sa ozljeđenim igračima. Zbog tih okolnosti i nekih grešaka stožera ostati ćemo na kontinentu za vrijeme spektakla u Južnoj Africi, a Bilić je kratko dvojio da li ostati izbornikom. Ima veliku podršku javnosti i drugih stručnjaka, kao i HNS-a, te će reprezentaciju povesti u nove kvalifikacije za EP.
Na klupi Hrvatske Bilić je dosad vodio 36 utakmica, uz 24 pobjede, sedam remija i pet poraza. Ujedno je postao prvi izbornik u povijesti koji je ostao na klupi nakon reprezentativnog ciklusa koji je ocijenjen neuspjehom. Njegovom odlukom najsretniji će biti igrači, koji su proteklih dana isticali kako žele da ih on nastavi voditi.