ANALIZA uzoraka koronavirusa prikupljenih iz raznih dijelova Hrvatske za sada nije otkrila prisutnost engleskog soja koji se širi oko 70% brže od uobičajenog, no otkrila je postojanje škotskog soja koji je također brzošireći, rekao je za Index molekularni biolog, prof. Kristian Vlahoviček s Prirodoslovno-matematičkog fakulteta u Zagrebu.
"Analizirali smo 30-ak uzoraka s početka drugog vala i 30-ak svježe prikupljenih od kojih je 15-ak bilo sa sjevera Hrvatske, a ostali iz Zagreba. Dobra je vijest da u svih šezdesetak analiziranih uzoraka nismo pronašli ni jedan koji bi odgovarao brzoširećem soju N501Y pronađenom u Engleskoj u studenome. To, naravno, ne znači da on nije prisutan u Hrvatskoj, no u ovom trenutku vjerojatnost da je dominantan je razmjerno mala", tumači Vlahoviček.
Uzorci su prikupljani tijekom početka drugog vala pandemije u Hrvatskoj, tijekom razdoblja kolovoz-studeni. Također, posredstvom HZJZ-a pribavljeni su uzorci sa sjevera Hrvatske prikupljeni početkom prosinca, kada je na tom području uočeno brzo širenje virusa i znatno povećanje broja oboljelih.
U oko 30% novih uzoraka hrvatski je tim otkrio mutacije koje odgovaraju varijanti virusa pronađenoj u Škotskoj tijekom kolovoza, za koju je također uočeno da se širi brže od virusa pronađenog u ranoj fazi izbijanja epidemije.
"Radi se o mutaciji u proteinu šiljku na položaju 439, tzv. N439K. Dok smo tu mutaciju uočili u tek 10% uzoraka s početka drugog vala, ona je prisutna u oko 30% uzoraka iz studenog i prosinca, a zastupljenija je u pacijentima sa sjevera naspram zagrebačkih. Za ovu mutaciju nisu utvrđene poveznice s razvojem težih simptoma, već isključivo bržim širenjem virusne infekcije", napominje prof. Vlahoviček, koji je također kolumnist Indexa.
Škotska mutacija prisutna je u nekoliko drugih zemalja. Prema novom istraživanju, preliminarno objavljenom na bioRxivu, ona se snažnije veže za stanice nego divlji soj, a simulacije pokazuju da bi mogla biti i nešto otpornija na neka protutijela. Ipak, to ne znači da razvijena cjepiva neće stvarati imunitet protiv nje. U prilog tezi da se brže širi govori činjenica da se njezina prisutnost u Hrvatskoj značajno povećala od početka drugog vala.
Od izbijanja epidemije u svijetu je analizirano preko 220 tisuća viralnih sekvenci javno dostupnih u bazi podataka GISAID. Te su sekvence prema sličnosti podijeljene u osam različitih skupina.
"U Europi su u drugom valu dominantni sojevi GV i GR, izvedeni iz skupine G. Ovi su se sojevi svijetom počeli širiti u travnju i svibnju ove godine, a trenutno predstavljaju najzastupljenije oblike virusa za koje je karakteristično da se brže šire od originalnog soja iz Wuhana. Mi soj GV nismo pronašli u uzorcima iz Hrvatske, dok soj GR uočavamo u više od 75% svih sekvenciranih uzoraka s početka drugog vala i 25% uzoraka prikupljenih u studenom i prosincu. Ostali uzorci većinom spadaju u skupinu G, koja je bila dominantna u Europi i u prvome valu", objasnio je Vlahoviček.
Ističe da su ovo preliminarni rezultati te da je za podrobniju statističku analizu potrebno prikupiti još podataka.
"Posljednji uzorci pristigli su nam prije svega desetak dana, a ovaj projekt je primjer kako je grupa izuzetno motiviranih znanstvenika i liječnika u stanju vrlo brzo odgovoriti na najzahtjevnije zadatke. Mnogi suradnici proveli su božićne i novogodišnje praznike u laboratorijima pripremajući uzorke i sekvencirajući virusne sojeve. Ovi rezultati su preliminarni i nastavit ćemo s njihovom analizom, a usporedno prikupljamo i nove uzorke kroz koje ćemo osim primarnog cilja projekta pratiti i dinamiku mutacija virusa na području Hrvatske", kaže Vlahoviček.
Riječ je o prvim rezultatima istraživanja u sklopu projekta "Varijabilnost sojeva koronavirusa SARS-CoV-2 i genetička podloga domaćina kao biomarkeri za otkrivanje čimbenika rizika tijekom pandemije COVID-19", koji je s 1.5 milijuna kuna financirala Hrvatska zaklada za znanost (HrZZ) u sklopu natječaja IP-CORONA-2020-04.
''Cilj našeg projekta je analizirati genetičke sljedove virusa SARS-CoV-2 unutar hrvatske populacije, kao i individualnu genetičku informaciju oko dvije stotine zaraženih pojedinaca. Na taj ćemo način pokušati odrediti može li genetička podloga svakog pojedinca u kombinaciji s genetikom koronavirusa objasniti razlike u doista širokom rasponu i težini simptoma covida-19. U našem istraživanju posebnu pažnju posvećujemo mitohondrijskoj DNK, koju dosad nitko nije istraživao u kontekstu infekcije koronavirusom", objašnjava Vlahoviček.
U svojim istraživanjima tim koristi tehnologiju čitanja genetskog koda DNK nove generacije koja je dostupna na Institutu Ruđer Bošković (IRB) i u Centru za forenzična ispitivanja, istraživanja i vještačenja "Ivan Vučetić", gdje će se prvi put u svijetu ispitati potencijalna povezanost genetičkih varijacija u mitohondrijskoj DNK pacijenata s kliničkim manifestacijama covida-19, dok će se na Ruđeru provesti umnožavanje virusnih genoma, kodirajućih dijelova genoma pacijenata, kao i složeni postupak pripreme uzoraka za sekvenciranje.
Uzorke pacijenata s različitim težinama kliničkih simptoma prikupljaju stručni timovi u Kliničkoj bolnici Dubrava, Kliničkom bolničkom centru Sestre milosrdnice te Klinici za infektivne bolesti "Dr. Fran Mihaljević".
Ovaj interdisciplinarni projekt okupio je tim od preko dvadeset istraživača i stručnjaka koji pokrivaju interdisciplinarni pristup, od kliničkih znanosti pa sve do računalne biologije. Uz kliničare i znanstvenike s PMF-a, IRB-a i "Vučetića" projektni tim čine i ugledni istraživači s Medicinskog fakulteta, Fakulteta elektrotehnike i računarstva i Farmaceutsko-biokemijskog fakulteta u Zagrebu, a u projekt su uključeni i međunarodni stručnjaci iz talijanske regije Friuli Venezia Giulia, kao i suradnici iz dijaspore s njemačkog Sveučilišta u Tübingenu.
Za potrebe realizacije prve faze projekta, koja će trajati do kraja 2021. godine, istraživački tim prikupio je već preko 120 uparenih uzoraka virusa i krvi pacijenata, a do sada su završeni rezultati analize viralnih genoma izoliranih iz oko šezdeset pacijenata. Najveći broj uzoraka prikupila je i obradila dr. sc. Ana Livun iz KB-a Dubrava. Uzorke sa sjevera Hrvatske prikupili su dr. sc. Ivan Christian Kurolt i dr. sc. Lidija Cvetko Krajinović iz Bolnice dr. Fran Mihaljević. Doc. dr. sc. Vjekoslav Tomaić iz Laboratorija za molekularnu virologiju s IRB-a je iz predloška virusnih RNK pomoću reverzne transkripcije sintetizirao komplementarnu virusnu DNK, a dr. sc. Robert Belužić iz Laboratorija za naprednu genomiku s IRB-a je "popularnom" PCR metodom umnožio cjelokupne genome virusa u formi kraćih preklapajućih fragmenata. Na takve fragmente se korištenjem specifičnih enzima dodaju tzv. molekularni barkodovi, odnosno identifikatori koji omogućavaju paralelno sekvenciranje velikog broja uzoraka. Ovako pripremljeni fragmenti DNK poslani su u Centar za forenzična ispitivanja, istraživanja i vještačenja "Ivan Vučetić" gdje je sekvenciranje radila dr. sc. Marina Korolija. Sklapanje i analizu virusnih genoma te odrađivanje prisutnih mutacija proveli su članovi Grupe za bioinformatiku sa zagrebačkog PMF-a, doktorandice Dunja Glavaš i Paula Štancl te dr. sc. Maja Kuzman, dr. sc. Lucija Markulin i dr. sc. Rosa Karlić, pod vodstvom prof. Vlahovičeka.