U četiri mjeseca rata, Izraelci su u potrazi za oružjem i militantima upali u nekoliko palestinskih bolnica, kao na primjer Katarsku bolnicu, Bolnicu Kamal Adwan i Al-Rantisi specijaliziranu dječju bolnicu. Međutim, bolnica Al-Shifa zauzima posebno mjesto u sukobu jer je najveća bolnica u Gazi i jer izraelski vođe tvrde da je ispod nje bio Hamasov zapovjedni centar. Hamas i bolničko osoblje poriču te optužbe.
Dokazi koje je pregledao New York Times ukazuju na to da je Hamas u bolnici čuvao oružje te da se ispod bolnice nalazio tunel u kojem je dostupna voda, struja i ventilacija. Tunel je dug barem 200 metara te se vjerojatno spaja s mrežom Hamasovih tunela.
Izraelski su vojnici pronašli podzemne bunkere, sobe za život i prostoriju s računalima i opremom za komuniciranje. Izraelci su se morali pažljivo kretati kroz tunel jer je bio pun zamki, pa su ga uništili jer im je ponestalo vremena za istraživanje. Morali su napustiti bolnicu jer je to bio jedan od uvjeta primirja u studenom.
Američki obavještajci tvrde da su se borci Hamasa evakuirali nekoliko dana prije nego što su Izraelci pretražili bolnicu te da su uništili dokumente i elektroniku koje bi vojnici tamo mogli pronaći. U bolnici je, neposredno pred pretres koji su proveli Izraelci, zbog nedostatka struje i goriva, preminulo petero novorođenčadi.
Pretresi i u drugim bolnicama
Izrael je javno objavio dokaze koji, prema njima, potvrđuju da je Hamas skrivao svoje borce među pacijentima te ondje držao taoce. Iz izraelske vojske javili su da su prije pretresa Al-Shife upozorili osoblje bolnice, otvorili rute za evakuaciju i s vojnicima u bolnicu poslali medicinsko osoblje koje govori arapski.
Nakon pretresa Katarske bolnice, što je uvriježeni naziv za Bolnicu Šeika Hamada bin Khalife Al Thanija za rehabilitaciju, izraelska vojska objavila je video u kojem tvrdi da je pronašla tunel koji se koristio za terorističke svrhe. Međutim, radi se o spremniku za vodu koji je izgrađen 2016. godine, iste godine kada i bolnica, te je ucrtan na inženjerske planove bolnice. Izraelska vojska odbila je objaviti popratne slike.
Tijekom pretresa bolnice Al-Rantisi, Izraelci su objavili video u kojem nalaze eksplozive i oružje, te u podrumu nalaze list papira na kojem je tablica s riječima na arapskom. Admiral Daniel Hagari, glasnogovornik izraelske vojske, tvrdi da se radi o rasporedu za čuvanje talaca. Iz Ministarstva zdravstva Gaze napisali su da se radi samo o radnom rasporedu, no kalendar počinje 7. listopada, na dan terorističkog napada na Izrael, i na vrhu papira je napisan naziv koji militanti koriste za taj događaj.
Bili su u bolnici oko tjedan dana, a zatim srušili tunel
Izrael je objavio video sa sigurnosnih kamera iz bolnice Al-Shife, koji navodno prikazuje dvoje talaca dovedenih u bolnicu nakon što su oteti 7. listopada.
Tunel ispod Al-Shife pronađen je praćenjem ventilacijskih kanala. Dodatni dokazi koje su Izraelci tamo pronašli su granate i torba sa stvarima koje su navodno pripadale taocima iz kibuca Be'eri. Na parkingu bolnice pronađeno je i vozilo identično onome koje je korišteno u napadu 7. listopada.
Izraelska je vojska na svojoj web-stranici napisala da ispod Al-Shife "leži labirint tunela koje vođe Hamasa koriste za vođenje terorističkih aktivnosti i gdje proizvode razna oružja i streljivo." Izraelci su ostali u bolnici malo duže od tjedan dana, nakon čega su eksplozivom uništili tunel.