Diplomirao je ekonomiju 1952. godine, a svoj prvi doktorat iz ekonomije stekao je radom Ekonomika jugoslavenske naftne privrede 1955. godine. Četiri godine kasnije doktorirao je na Sveučilištu u Manchesteru na temu Towards a Theory of a Planned Economy.
Branko Horvat, koji je odgojio i obrazovao generacije ekonomista od kojih su većina danas uvaženi profesori na fakultetima u zemlji i širom svijeta, započeo je svoju karijeru kao asistent na Institutu za naftu u Zagrebu i na zagrebačkom Ekonomskom institutu.
Radio je u Saveznom zavodu za planiranje u Beogradu, gdje je bio voditelj Metodološkog odjela, koji je 1963. njegovom zaslugom prerastao u Jugoslavenski institut za ekonomska istraživanja.
Kao direktor Instituta osnovao je međunarodnu poslijediplomsku školu i pokrenuo časopis Ekonomska analiza i radničko upravljanje koji je 1978. postao službeni časopis Međunarodnog udruženja za ekonomiku samoupravljanja.
Redovni profesor ekonomije na Sveučilištu u Zagrebu postaje 1975. godine i ostaje raditi na Fakultetu za vanjsku trgovinu odnosno kasnije Ekonomskom fakultetu sve do 1992. godine.
Horvat se vrlo rano pročuo svojim znanstvenim doprinosom, po čemu je i nastala kovanica marksizam-horvatizam koju je u ekonomsku teoriju unio Benjamin Ward, pa je kao gost profesor predavao na preko osamdeset sveučilišta i znanstvenih institucija u svijetu.
Slovio je kao stručnjak za samoupravljanje, planiranje i razvoj pa je često bio angažiran kao savjetnik vladama različitih zemalja.
Znanstveni i stručni opus Branka Horvata velik je ne samo po broju knjiga, monografija, članaka, i ostalih radova koji broji više od 650 naslova već i po dubokom tragu koji ostavlja u ekonomiji, političkim znanostima, sociologiji i filozofiji.
On je i predani pedagog, uporni zagovaratelj samoupravljanja i svih oblika demokracije te kontroverzni politički aktivist.
U svojoj dugogodišnjoj karijeri primio je mnoga službena priznanja, a njegova knjiga Political Economy of Socialism proglašena je knjigom godine u SAD i bila je podloga za nominaciju Branka Horvata za Nobelovu nagradu.
Horvat je ostao vjeran onim idejama i idealima s kojima je otpočeo svoju karijeru - vrijednostima ekonomske i političke demokracije i društvene pravde. Ta lojalnost i nepripadnost ortodoksnoj ekonomiji donijela mu je više kritika nego pohvala.