Godine 2009. Heinze je iz Real Madrida stigao u redove Marseillea te se već u prvoj sezoni ondje okrunio naslovima francuskog prvaka i pobjednikom Liga kupa. Ovaj potonji naslov drugoplasirana momčad Le Championnata osvojila je i ove sezone.

"Potvrđujem da napuštam klub. Odluka je sportske i osobne prirode i mislim da je dobra. Ovdje sam doživio neke jedinstvene trenutke i mislim da je sada pravo vrijeme za raskid suradnje", kazao je argentinski reprezentativac.

Ukupno je Heinze u ovoj sezoni odigrao 40 utakmica za Marseille. Postigao je četiri pogotka.

U nedjelju se u Francuskoj igra posljednje, 38. ligaško kolo u kojem Heinzeova momčad gostuje kod Caena.