Njegov mandat u Milanovićevoj vladi obilježen je aferama.
Tihomir Jakovina od 2009. godine do 2012. obnašao je dužnost načelnika Općine Bukovlje, da bi bio imenovan ministrom poljoprivrede u vladi Zorana Milanovića. Nakon samo godinu dana otkriveno da je Jakovina u isto vrijeme obnašao dužnost ministra te bio vlasnik i direktor tvrtke TJ-PROM. Proračunu i nekolicini vjerovnika ukupno je dugovao više od 150.000 kuna, što je okvalificirano kao sukob interesa.
Pod misterioznim okolnostima njegova poljoprivredna apoteka prodana je za cijenu od 400 tisuća kuna. Od tog iznosa podmireni su i svi dugovi tvrtke, a ostatak je Jakovina trebao dobiti u ratama. Govorilo se kako je riječ o popriličnom iznosu za jednu poljoprivrednu apoteku, no Jakovina je to demantirao tvrdeći da je riječ o "sjajnoj kupovini" i "dobroj prilici". Tvrtka s novim vlasnikom, nakon Jakovine, ni 2014. niti 2015. nije zabilježila nikakve prihode, a 2013. imali su dobit od svega 22 tisuće kuna.
Index je u studenom 2016. otkrio nesrazmjer primanja i imovine SDP-ovca Jakovine, a nakon serijala tekstova o kupljenim nekretninama, bivši ministar umjesto odgovora najavio je tužbe protiv Indexa i novinara. Do nas nikada nije stigla ni tužba, ni demanti niti reagiranje.
Gotovo svaki dan pojavi se nova korupcijska afera. Država se oštećuje, a javni novac, naš novac, krade se svakodnevno kroz nelegalne ili nepoštene javne nabave, zloupotrebe ovlasti, pronevjere, utjecanje na pravni sustav, kreiranje zakona koji nisu u javnom interesu, nelegalno ili nepošteno izdavanje dozvola, primanje mita, trgovinu utjecajem, prikupljanje javnih prihoda, nezakonita ili besmislena imenovanja… Svaki korumpirani političar zna da sutra dolaze nove afere, a ove će pasti u zaborav. Index Afere će se pobrinuti da korupcijske afere nikad ne padnu u zaborav.
Bog možda prašta, ali Index Afere ne.
Uvjetima korištenja i Pravilima o privatnosti